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中科院生物物理研究所——生物信息
中国科学院生物物理研究所
客户网站: 组织规模: 所属行业:
http://www.ibp.cas.cn/ 1000-9999人 生命科学
客户网站:http://www.ibp.cas.cn/
所属行业:生命科学
组织规模:高性能服务器,TS10000
摘要:

  中国科学院生物物理研究所主要研究方向集中在蛋白质科学和脑与认知科学两大领域, 浪潮为研究所建设了高性能蛋白质科学数据自动化采集与分析计算平台,将其作为全所共享的计算资源,支撑研究所的蛋白质科学方向的研究和应用。

项目背景:

  中国科学院生物物理研究所是国家生命科学基础研究所,主要研究方向集中在蛋白质科学和脑与认知科学两大领域,拥有“生物大分子国家重点实验室”和“脑与认知科学国家重点实验室”。2006年12月,经科技部批准,研究所筹建蛋白质科学国家实验室。蛋白质科学研究领域包括蛋白质三维结构与功能、生物膜和膜蛋白、蛋白质翻译与折叠、蛋白质相互作用网络、感染与免疫的分子基础、感知觉的分子基础、蛋白质与多肽药物、蛋白质研究新技术新方法等八个重点研究方向。

  此次,研究所构建高性能蛋白质科学数据自动化采集与分析计算平台,就是将其作为全所共享的计算资源,支撑研究所的蛋白质科学方向的研究和应用。应用软件多种多样,不同软件的应用特点也是千差万别。为此,如何根据不同的应用特点设计好系统,对HPC厂商来说是一个重大的挑战。

解决方案概述:

应用特点分析

  在充分了解客户需求并根据浪潮多年高性能应用实际经验的基础上,针对此次高性能项目需求,浪潮特别推出了基于Intel处理器平台最新推出的32nm制程工艺、全新英特尔微体系架构(代码 Westmere)的英特尔至强5600系列处理器的高性能天梭TS10000集群系统。

  另外,为了更好的满足客户应用多样性的需求,在本套集群中配置了八路Nehalem EX服务器、单精度GPGPU计算节点、双精度GPGPU计算节点等各具特色的产品。

  在计算网络方面,采用万兆核心计算网络和QDR IB计算网络两种方式,满足不同应用对网络性能的不同需求。

  在存储方面,提出了两套各具特色的方案可供选择。本集群具有计算性能优越、功耗控制领先、监控管理系统方便易用、系统开放易于扩展、服务体系完善等特点。

  除此之外,颇受广大用户认可的浪潮高性能集群培训服务体系,将为此次项目锦上添花,免除用户的后顾之忧。

详细解决方案:

  电镜原始数据预处理计算节点采用NX7140N刀片服务器,配置2×Intel Xeon X5650(2.66GHz) /6.4GT/12M/1333 六核处理器,计算能力比同主频四核产品提高了50%。为了满足客户应用对内存的需求,我们在每个预处理计算节点12个核的基础上,每个核配置3GB的内存,共配置36GB DDR3内存,充分发挥双路六核节点的性能优势。

  另外,存储系统磁盘阵列采用最新的8Gb光纤存储产品AS500G3,相比4Gb产品,具有更强的带宽性能,更好的支持IO读写应用。配合两个IO节点可以达到150MB/s的带宽。

  高性能计算部分主要由100个刀片计算节点,1台厚节点和8台GPU计算节点组成,为了系统的管理和使用,配置1台WEB节点、1台管理节点、2台登录和作业发布节点、为20个高速互联刀片计算节点配置的1套线速QDR 40Gb Infiniband计算网络、为所有节点配置的1套万兆核心、千兆线速计算网络以及部署于集群系统中的软件系统组成。另外存储方面提供了并行文件系统与存储一体化产品Ceresdata D-Fusion 5600,满足系统应用对高IO带宽的需求。

  系统拓扑

客户收益:

  依据浪潮专家丰富的方案整合经验,专业的服务以及优质的产品,客户逐步对浪潮的严谨、踏实的作风和先进、优秀的产品品质建立了信心。由此客户如是说,浪潮是一个做事极度认真的公司,因此他们熟悉我们的真正需求,对于我们的需求具有清楚的掌控和了解,其产品应用解决方案非常具有针对性。

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